COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 21.055057 21.055057 21.643482
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.550786
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.364414
2021-03-30 17:00:00 17.836899 17.836899 21.164792
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 21.054220
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.973572
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.860207

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 20.100704
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 19.599880
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 19.132980
2021-03-30 17:00:00 8.533185 17.289459 18.688142
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 18.135526
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 17.856866
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 17.737412

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 24.006900
2021-04-01 17:00:00 27.675841 27.675841 23.616685
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 23.291003
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 23.004006
2021-03-29 17:00:00 14.864865 22.118644 22.676466
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 22.330133
2021-03-27 17:00:00 19.444444 22.542373 22.137991

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.550828
2021-04-01 17:00:00 14.277899 18.341532 13.653466
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.597827
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.477985
2021-03-29 17:00:00 14.075630 6.965864 13.441928
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.526949
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.500783

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.374433
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.269630
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 15.023835
2021-03-30 17:00:00 16.452254 15.124621 14.938039
2021-03-29 17:00:00 17.882821 15.189826 14.861772
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 14.817456
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 14.811766

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 47.458307
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 47.264173
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.661559
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.463689
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 47.133323
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 47.232123
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 47.020353

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 17.188619
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 17.589254
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.724379
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 17.852298
2021-03-29 17:00:00 25.315391 9.136440 18.198072
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.467663
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 18.820941

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 9.259407
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 9.258554
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 9.184163
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 9.143325
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.320637 9.019117
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.955890
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.893834

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 16.430315
2021-04-01 17:00:00 21.933889 15.044795 16.588852
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 16.621149
2021-03-30 17:00:00 12.535247 17.951542 16.525722
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.421673 16.299096
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.159566
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.094066

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 38.306887
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 38.202608
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 37.890859
2021-03-30 17:00:00 44.753044 44.753044 37.530306
2021-03-29 17:00:00 30.834050 67.790198 36.257360
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 35.612908
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 34.909828

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 18.010994
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 18.087839
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 18.182060
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 18.111246
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.728181 17.697105
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 17.902318
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 18.124409

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.359877
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.180819
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 5.116841
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.361664 5.135402
2021-03-29 17:00:00 9.740260 2.811621 5.202862
2021-03-28 17:00:00 8.433735 5.244123 5.393141
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 5.629638

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.038779
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 8.033465
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 8.100856
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 8.089097
2021-03-29 17:00:00 13.833992 8.037975 8.113846
2021-03-28 17:00:00 7.596154 5.106658 8.307733
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 8.658441

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 48.265416
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 49.285462
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 50.646148
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 50.871783
2021-03-29 17:00:00 40.776699 40.776699 50.287217
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 50.525524
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 51.556114

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 25.943907
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 25.854688
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 26.021530
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.852968
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.373373
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.355027
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 25.111791

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 36.485498
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 36.625983
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 36.201947
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 35.876554
2021-03-29 17:00:00 22.599195 35.744924 36.606453
2021-03-28 17:00:00 88.209176 34.962847 37.030619
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 37.237791

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 10.718761
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 10.605564
2021-03-31 17:00:00 12.371134 12.371134 10.342649
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 10.138188
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 9.900314
2021-03-28 17:00:00 9.575185 9.575185 9.654451
2021-03-27 17:00:00 12.424242 12.424242 9.257117

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 64.079706 64.079706 22.996558
2021-04-01 17:00:00 60.471698 42.216981 21.345705
2021-03-31 17:00:00 57.610193 30.767906 19.951783
2021-03-30 17:00:00 NaN 15.965635 18.811439
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 17.727473
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 16.894167
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 16.164355

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 13.792853
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 13.774953
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 13.612979
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.490279
2021-03-29 17:00:00 18.493027 9.938674 13.317810
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.247272
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 13.186031

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 21.864625
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 21.815127
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 21.800493
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 21.276764
2021-03-29 17:00:00 38.888889 22.053232 20.568051
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 20.357720
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 20.374857

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 24.210526 14.526316 17.085808
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 17.596289
2021-03-31 17:00:00 13.080169 13.080169 18.141417
2021-03-30 17:00:00 13.571429 23.312883 17.868663
2021-03-29 17:00:00 44.262295 44.262295 18.041434
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 17.943269
2021-03-27 17:00:00 43.103448 21.034483 17.947976

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-02 17:00:00 18.752992 18.752992 29.357108
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 29.254747 29.500972
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 29.718324
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 30.079094
2021-03-29 17:00:00 17.304493 40.313763 30.686469
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 30.861852
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 30.716661

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.632653 21.632653 20.100704
Basilicata 23.748212 23.748212 24.006900
Calabria 13.255416 13.255416 13.550828
Campania 15.213372 15.213372 15.374433
Emilia-Romagna 47.780679 47.780679 47.458307
Friuli Venezia Giulia 16.239316 16.239316 17.188619
Lazio 10.559348 10.559348 9.259407
Liguria 18.266254 18.266254 16.430315
Lombardia 34.953437 34.953437 38.306887
Marche 21.563432 21.563432 18.010994
Molise 9.717314 9.717314 5.359877
P.A. Bolzano 9.109449 9.109449 8.038779
P.A. Trento 42.696629 42.696629 48.265416
Piemonte 24.390857 24.390857 25.943907
Puglia 37.150127 37.150127 36.485498
Sardegna 12.327339 12.327339 10.718761
Sicilia 64.079706 64.079706 22.996558
Toscana 14.523557 14.523557 13.792853
Umbria 23.304562 23.304562 21.864625
Valle d'Aosta 24.210526 14.526316 17.085808
Veneto 18.752992 18.752992 29.357108

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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